モハメド容疑者と他の4名の容疑者らには、航空機のハイジャック、人質誘拐、テロリズム、ニューヨークおよびワシントンで3000名近くを殺害したなどの容疑がかかっている。
モハメド氏の弁護人によれば、これは刑務所での拷問に対する抗議の気持ちを表しているものだという。またモハメド氏は、裁判は不公正なものになると確信しているという。
これより先、国防総省の報道官は、容疑者は容疑を完全に認めたと述べていた。有罪の場合には、死刑が言い渡される可能性がある。